医药卫生经费不足。目前我省卫生事业占财政支出比例仍然偏低，投入的不足，带来了州市级以上医院负债贷款建设的不在少数，乡镇卫生院及村卫生室所需医疗设备配备不足。2012年底，全省13289个村卫生室中只有8133个达标，达标率不到62%；1378个乡镇卫生院只有559个达标，达标率仅为40.57%。

　　医保资金管理有待提高。全省各地医保资金使用不平衡，少数地方资金使用超支，多数地方则沉淀数额过大；部分医院医疗行为发生时费用难以按时拨付，对医疗机构运营造成影响；对医疗机构的医疗行为是否符合支出范围的认定上，随意性较大；骗（套）取医保资金的情况还在少数地方时有发生。

　　医疗卫生人才队伍建设面临问题。县以上医疗卫生机构由于编制不够，聘用大量合同制人员，用人单位没给大多数合同制人员购买5险1金、评定职称，导致同工不同酬，人员难以安心；乡镇医疗卫生机构由于地处边远、工资待遇低等问题，普遍存在招不进人、招来后留不住、医疗水平不高等问题。

　　卫生服务能力不均衡问题突出。由于卫生服务能力的差异，导致医疗卫生资源配置不均衡、不合理，大型医疗机构门庭若市，医疗设备超负荷运转，病人住院需等待成为常态；而在基层乡镇卫生院，病床闲置浪费状况较为突出，有的卫生院甚至几天没一个住院病人，双向转诊机制和小病不出村，常见病不出乡，大病不出县的格局尚未形成。

　　乡村医生待遇低队伍不稳定。作为农村三级卫生网络的网底，乡村医生承担着基本医疗、妇幼保健、疾病预防控制、基本公共卫生服务等工作。村卫生室取消成品药加成后，虽然各级政府给予一定补助，但总体仍然偏低，同时由于我省建立的乡村医生养老保障制度缴费年限长、保障水平低、缺乏吸引力，导致部分乡村医生产生较大心理落差。

　　绩效工资难以起到激励作用。目前，现行的医疗卫生系统绩效工资制度，作为奖励的部分较少，不足以调动医务人员的积极性，尤其在乡镇卫生院干好干坏一个样，干与不干一个样，计划经济的痕迹较重。

　　基本药物招标采购与配送问题突出。少数地方存在药品生产企业低价中标但不生产，只售高价药的情况，基层医疗机构在网上难以买到价廉物美的基本药物；购买基本药物后，配送需要较长的时间，导致基层医疗卫生机构无药救治病人的被动局面；药品采购和配送中，卫生部门没有发言权，缺乏监管和制约机制；基层普遍反映基本药物难以覆盖我省常见病、多发病用药范围。